Zasjedanju je prisustvovalo ukupno 377 sabornika te 80 poslanika iz okruga Tuzla, Doboj, Zenica, Visoko, Travnik, Mostar, Konjic, Bihać, Banja Luka, Zagreb i Goražde. Zasjedanjem je predsjedovao prof. dr. Enes Duraković koji je na uvodnom izlaganju predstavio i predsjednika inicijativnog odbora Aliju Isakovića, predsjednika Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine Aliju Izetbegovića, reisu-l-ulemu Mustafu ef. Cerića, prof. dr. Muhameda Filipovića, te ministra vanjskih poslova Republike Bosne i Hercegovine dr. Harisa Silajdžića. Na Saboru su prisustvovali i turski, iranski i američki ambasador, američki izaslanik, predstavnici islamskih, katoličkih i pravoslavnih vjerskih institucija itd.
U svom govoru, između ostalog, Alija Isaković je rekao: “U nekim normalnijim okolnostima bilo bi prirodno da ovakvu odluku donese svenarodni referendum, ali u nemogućnosti da to obavimo, osnovne naše institucije (Preporod, Vijeće Kongresa bosanskomuslimanskih intelektualaca, Islamska zajednica i Merhamet) pokrenuli su sazivanje ovog Sabora sa željom da se o ovako krupnim odlukama govori na što je moguće široj osnovi, gdje bi bili zastupljeni predstavnici svih struktura našeg društva i po mogućnosti svih regija”.
Pristupilo se na detaljnu analizu uredbi Ženevskog mirovnog sporazuma. Uloženo je mnogo primjedbi na ovaj pravni akt koji je preživio veliki broj modifikacija, krpljenja i dotjeranja što je rezultiralo u njegovu pretjeranu opširnost i njegovu pravnu neoubličenost. Predsjednik Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine Alija Izetbegović je iznio svoje viđenje ove stvari.
Ovaj Sabor će u historiji muslimanskog naroda na području Bosni i Hercegovini biti zabilježen svoga drugog dana zasjedanja, 28. septembra 1993. godine, kada su vraćen stari etnički nazivi – Bošnjak (za muškog pripadnika u jednini), Bošnjakinja (za ženskog pripadnika u jednini), Bošnjaci (za muške pripadnika naroda u množini i generalan naziv) i Bošnjakinje (za ženskog pripadnika naroda u množini).
Jedan od prisutnih novinara tog septembarskog dana zapisao je: “Noć u kojoj je zasjedao Sabor bila je presudna – zaspali smo kao Muslimani, probudili se kao Bošnjaci”. Ovom Deklaracijom Sabor je okončao stoljetnu raspravu i nesporazume oko termina Musliman koji je muslimansko stanovništvo na tom širem području lišavao svih prava koje je posjedovala svaka etnička grupa kao što je pravo na svoju zemlju, neovisnost, jezik, kulturu itd.
Prof. dr. Muhamed Filipović se upitao: “Ko smo mi Bošnjaci? Mi Bošnjaci smo onaj dio našeg prvobitnog bosanskoga naroda koji kontinuira svojstvo narodnoga bića ove zemlje, ostvaruje unutar toga bića historijski smisao i sadržaj ove zemlje i nosi njeno historijsko i državno pravo. Mi smo, dakle, nasljednici onoga što je Bosna kao zemlja, kao država i kao historijski subjekt bila i jeste. To naše svojstvo nikoga ne isključuje iz sudjelovanja u tom naslijeđu i njegovoj perpetuaciji, ali neće da bude žrtva parcijalnih odluka dijelova prvobitnog bošnjačkog naroda da se identificira i veže za narodnosnu ideju, interese i državno pravo nekih drugih država i naroda”.
Sabor je donio i jednu bitnu odluku:
“Da bi produžili i produbili posao potvrđivanja vlastitog narodnog bića, njegovog mjesta i zadaće u našoj zemlji i u svijetu u kojem živimo, način rada i stukture njegovih institucija, kao i pogleda na budućnost našeg naroda i svih ljudi koji žive u našoj domovini, odlučujemo da Bošnjački sabor i u buduće radi kao mjesto okupljanja svih Bošnjaka na kojem će se u slobodi mišljenja, poštovanju različitih uvjerenja i uz maksimalnu kompetenciju i odgovornost razmatrati sva najvažnija pitanja života bošnjačkog naroda i naše države i utvrđivati pravci naše nacionalne akcije”.Ono što je donio ovaj Sabor je svakako predstavljalo temelj kasnijeg položaja Bošnjaka i njihova odrednica i put djelovanja u post-daytonskoj Bosni i Hercegovini.
Drugi Bošnjački sabor
Drugi Bošnjački sabor je historijski bio podjednako bitan za Bošnjake kao i prethodni. Održan je u Sarajevu 18. jula 1994. godine. Sazvan je istog dana, nekoliko sati prije zasjedanja Skupštine Republike Bosne i Hercegovine. Inicijativu za ovaj Sabor je pokrenuo dr. Abdulah Konjicija radi u tim danima aktuelnim prijedlogom Kontakt-grupe za rješavanje problema u bivšoj Jugoslaviji o novom teritorijalnom ustrojstvu Bosne i Hercegovine.
Tribina bosansko-muslimanskih intelektualaca, čiji je član bio i dr. Konjicija, odmah je poslala pismo sa zahtjevom za sazivanja novog Sabora prof. dr. Enesu Durakoviću, kao predsjedavajućem Prvog Bošnjačkog sabora. U pismu su se inicijatori pozivali na odredbu koja je donesena na Saboru u septembru prošle godine.
Odmah je ustanovljeno da se prijedlog Kontakt-grupe kosi sa svim načelima i odredbama utvrđenim na Bošnjačkom saboru tj. da teritorijalna cjelovitost i oblik granica Bosne i Hercegovine čuvanih kroz vijekove mora ostati isti. Opasnost od takvog razvoja događaja, navela je bošnjačku elitu na novo veliko okupljanje.
“Imamo li dovoljno vremena da odbijemo i ovaj prijedlog? Imamo li dovoljno ljudskih života kojima ćemo platiti to odbijanje? Drugi bošnjački sabor sazvan je da odgovori na ovo pitanje. Sabor je mogući oblik suženog referenduma. Predstavnici svih slojeva bošnjačkog društva, predstavnici svih regija naše zemlje, predstavnici svih nacionalnih i državnih institucija. Dakle, nešto šire i kompetentnije tijelo od Skupštine, kada je u pitanju prosuđivanje interesa bošnjačkog naroda. Nema u tome nikakvih nipodaštavanja izabranih skupštinskih poslanika iz redova našega naroda. I oni su među pokretačima ovog Sabora”. (Alija Isaković, “Oslobođenje“, 18. juli)
Na Drugom Bošnjačkom saboru je pristustvovalo 355 sabornika, od kojih je za mirovni prijedlog Kontakt-grupe bilo 303 sabornika ili 85%, 46 ili 13% protiv a 6 listića je bilo nevažećih. Predsjednik Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine Alija Izetbegović u pokušaju da riješi ovu dilemu, u obraćanju prisutnim je istakao da je rat njihova, a mir naša šansa: “Hoćemo li znati iskoristiti prednosti koje nam donosi mir? Naša borba za integraciju Bosne i Hercegovine će u velikoj mjeri zavisiti od nas, šta možemo. Hoćemo li ili možemo li od dijela Bosne, koji kontrolišemo, napraviti savremenu, demokratsku i slobodnu zemlju. Da li ćemo znati da to učinimo?”
Ovo je značilo da je mirovni prijedlog prihvaćen na Saboru, ali i nešto kasnije na Skupštini Republike Bosne i Hercegovine. Međutim, ovo nije zaustavilo ratna dešavanja jer su ovo prihvatile bošnjačka strana i strana bosanskih Hrvata, dok su srpski agresori ostali protiv.
Kasnijih dana je javnost sačinila analizu odluka Sabora i državne Skupštine. Postavljano je pitanje: šta bi se dogodilo da ponuđeni mirovni paketi nisu prihvaćeni? Stav većine je bio da bi stanje u svakom slučaju ostalo isto, jer su Bošnjaci mnogo manje odlučivali od srpskih agresora. Ipak je bilo krucijalno u zadržavanju podrške većine svjetske javnosti na bošnjačku stranu.
Post-dejtonske aktivnosti
Daytonskim mirovnim sporazumom i službeno je potvrđeno ime Bošnjak (Bošnjaci) kao etnička skupina i jedan od tri konstituentna naroda u Bosni i Hercegovini.
Atif Purivatra je sredinom 1996. godine u javnost iznio ideju o sazivanju Trećeg Bošnjačkog sabora na kome se trebalo raspravljati o budućnosti Bošnjaka i njihovom statusu u Bosni i Hercegovini i svijetu. Međutim, treći Sabor nije održan.