Od aprila 1996. dijelom Aerodroma su upravljale civilne vlasti BiH. U tom mjesecu počela je i borba za vraćanje Aerodromu Sarajevo prave funkcije civilnog zrakoplovstva.
Počelo se praktično od nule. Dio polovne opreme doniran je Aerodromu, sanirana je sortirnica i pretvorena u improvizovani terminal. Radnici su, nakon kratke obuke u Turskoj, zauzeli svoja dugo očekivana radna mjesta i polako je sve krenulo naprijed, da bi se 16. avgusta 1996. sarajevski Aerodrom, konačno otvorio za civilni saobraćaj. Taj događaj značio je ostvarenje najvećeg sna svih zaposlenih.
Odmah po otvaranju Aerodroma, Croatia Airlines uspostavlja vezu između Sarajeva i Zagreba, a turska kompanija Top Air između Sarajeva i Istanbula. Do kraja te godine, Aerodrom Sarajevo ostvario je saobraćaj od 26.000 putnika i bio je u Bosni i Hercegovini jedini aerodrom u funkciji za civilno zrakoplovstvo. Saniraju se sve manevarske površine, tehnički objekti aerodroma i objekat kontrole letenja s kontrolnim tornjem.
Generalna rekonstrukcija aerodromske terminalne zgrade s kompletno novom tehnologijom i opremom vrhunskog kvaliteta uspješno se završila početkom 2001. godine. Svečanim otvorenjem u martu 2001. godine, Aerodrom je kompletirao sve sadržaje u pogledu potreba i komfora putnika, čime je i zvanično počelo novo razdoblje kvalitetnog rada i vrhunskih rezultata.