Eugen je rođen u Parizu, a njegov je otac u Francuskoj posjedovao titulu grofa od Soissonsa, jednu od najuglednijih grofovskih titula u toj državi uopće. Eugenovoj majci Olympiji Mancini moćni kardinal Mazarin bio je ujak.
Uprkos spomenutom italijansko-francuskom porijeklu, Eugen Savojski svoju je vojnu karijeru ostvario u austrijskoj (habsburškoj) službi. Naime, 1683. ušao je u vojsku Habsburške Monarhije, upravo u vrijeme posljednjeg napada Osmanlija na Beč. U tom je trenutku Eugen imao nepunih 20 godina i praktički je odmah došao na bojno polje. Odigrao je veliku ulogu sljedećih desetljeća u postupnom potiskivanju Osmanlija iz Ugarske, Hrvatske i ostalih krajeva, koji su time došli pod vlast Beča.
Predvođeni Eugenom Savojskim, habsburški vojnici, njih oko 6.500 iz Osjeka počeli su invaziju na Bosnu i Hercegovinu.
U središte Bosanskog sandžaka, Sarajevo, stigli su 22. oktobra 1697. godine. Tokom napada, grad je opljačkan i zapaljen.
Eugen Savojski nagomilao je golemo bogatstvo, a dao je sagraditi velike i impresivne palače, od kojih je najpoznatiji Belvedere u Beču.