Džamija je djelomično bila uništena ekplozivom detoniranim 7. maja 1993. godine od strane nepoznatih srpskih nacionalista potpomaganih od vlasti Republike Srpske, kao dio sprovođenja politike etničkog čiščenja Bošnjaka.
Mačke koje se mogu svakodnevno vidjeti kod harema Ferhadija džamije u Sarajevu i u obližnjem kvartu dobile su hranilice u koje će im svi dobri ljudi koji su ih i dosad hranili, moći ostavljati hranu i čistu vodu, javlja Anadolu.
Ispred džamije Ferhadija u Sarajevu sinoć se desila krađa, nepoznati muškarac se ušetao u dvorište ove džamije i uzeo patike.
Banjalučka Ferhad-pašina džamija, poznata i kao Ferhadija, srušena je do temelja 7. maja 1993. godine.
Nakon što je u Narodnom pozorištu Sarajevo održana komemoracija preminulom bh. književniku i scenaristi Abdulahu Sidranu, obavljena je i dženaza na mezarju harema Ferhadija džamije, dok je ista klanjana u Begovoj džamiji.
"Banjalučka muradija" koja se organizira povodom mubarek noći Lejletur-regaib bit će održana u Ferhadija džamiji u Banjoj Luci u petak, 27. januara, između akšama i jacije namaza.