Uz Franju Ferdinanda u Sarajevu je ubijena i njegova supruga Sofija, koja je imala titulu vojvotkinje od Hohenberga. Njih su dvoje zajedno pokopani, no to nije bio klasičan habsburški dinastički sprovod. Problem je bio u tome što su Franjo Ferdinand i Sofija bili u morganatskom braku. Takav se brak sklapa kad supružnici nisu istog ranga.
Sofija po rođenju nije bila kraljevske krvi, nego je bila kći običnog grofa Choteka. Uprkos bogatstvu i ugledu češke grofovske porodice Chotek, oni nikako nisu bili ravni vladarskoj dinastiji Habsburg-Lothringen. Kad je shvatio da Ferdinand ne želi odustati od namjere da se oženi sa Sofijom, Franjo Josip I. odlučio je priznati brak samo pod uslovom da djeca iz braka Franje Ferdinanda i Sofije ne mogu naslijediti austro-ugarsko prijestolje. Stoga su nosila samo titulu vojvode od Hohenberga (kao i njihova majka).
Budući da Sofija, nekraljevske krvi, nije mogla biti pokopana u carskoj kripti u Beču, ona i njen suprug Franjo Ferdinand pokopani su zajedno u dvorcu Artstetten u Austriji. Sprovod je bio vrlo skroman s obzirom na to o kome je riječ. Iako su planirale doći delegacije raznih stranih dinastija, nijedna nije pozvana. Čak i car Franjo Josip, koji se nikad nije pomirio s time što je dozvolio brak, odbio je doći na sahranu. Tako su na sahrani prisustvovali gotovo isključivo članovi užih porodica pokojnika.