Po izbijanju agresije na BiH bio je u sastavu 17. krajiške brigade, kada ustrojava vojsku i postaje komandant Operativne grupe (OG) Bosanska krajina. Nakon kratkog vremena postaje komandant 3. korpusa Armije RBiH. Na toj dužnosti ostaje kratko jer na njegovu inicijativu dolazi do formiranja 7. korpusa Armije RBiH. Postaje komandant 7. korpusa ARBiH, gdje biva unaprijeđen u čin generala Armije Republike Bosne i Hercegovine.
Mehmed Alagić je, uz generala Dudakovića, prvi koji je od jednog korpusa napravio zaokruženu cjelinu. Sedmi korpus, sada se to može reći, napravljen je “od nade”. Skupa sa nekoliko krajiških komandanata (prije svega Fikretom Ćuskićem, Sakibom Mahmuljinom, Asimom Koričićem, Rasimom Imamovićem), Alagić je “pozajmio” nekoliko brigada iz već postojećih korpusa, i uz jezgro, 17. krajišku, oformio nekoliko novih. Korpus je ubrzo dobio naziv “krajiški”, mada u njemu Krajišnici, po broju, nisu dominirali. Ali, dominirala je ogromna želja Mehmeda Alagića, Ćuskića i svih drugih Krajišnika da se krene prema Krajini.
Travnik nije bio mjesto iz kojeg se najbliže dolazi do Bosanske Krajine, ali je, po Alagićevoj logici, bilo baš najbliže preko Vlašića! Prostor Travnika je bio nemjerljivo strateški značajan, na njemu su se presijecale silnice želja Tuđmana i Miloševića. Alagić im nikad nije dopustio da ostvare svoje želje. Zaokruživanje Sedmog korpusa kao cjeline Alagić je izveo brzo i energično. Vodio se logikom: sve za odbranu. On nije polagao račune ni općinskim ni regionalnim ni državnim organima, oni su račune polagali njemu. Svi privredni resursi u regionu bili su u službi i “pri ruci” Sedmom korpusu. Gotovo da nije bilo vojnosposobnog čovjeka koji nije bio mobilisan. Svaki čovjek, po Alagiću, ima svoje mjesto u odbrani zemlje. U vrijeme velikih operacija, kakva je na primjer bila “Vlašić”, cjelokupno stanovništvo Travnika bilo je u službi Sedmog korpusa: od vojnika, preko radnih vodova, do žena koje su spremale hranu za borce.
Sva ta organizacija i vjera na kraju su pomogli realizaciju jedne od najvažnijih akcija Armije RBiH – oslobođenje planine Vlašić.
Mehmed Alagić je vodio neprekidne borbe i sa Hrvatskim vijećem odbrane i sa agresorskim snagama, redajući uspjeh za uspjehom. Oslobađajući mnoga sela i gradove u srednjoj Bosni, dolazi do Sanskog Mosta, gdje 5. i 7.
Saznajte sve o najvažnijim vijestima i događajima, čitajte na Google News.