Srž muzejskih djela čine djela Kraljevskih zbirki, što pokazuje interes za umjetnost koji su iskazivali španski kraljevi, u svrhu ukršavanja svojih palata i rezidencija ili vjerskih objekata koje su imali pod svojom zaštitom.
Kolekcija je 1872. godine proširena djelima iz Muzeja Trojstva nastalog iz primjene tzv. zakona o deamortizaciji iz 1835. i 1836. godine, a 1971. i brojnim djelima iz XIX vijeka iz Muzeja moderne umjetnosti. Tome treba dodati i brojne kupovine, donacije i priloge Države.
Muzej Prado posjeduje 8.200 crteža, 7.600 slika, 4.800 grafika i 1.000 skulptura, te brojne druge umjetničke predmete i povijesne dokumente. U muzeju je izloženo oko 1.300 umjetnina, dok je 3.100 djela na posudbi drugim muzejima, a ostala su u službenom skladištu. Replike trideset slika iz grupe najvažnijih dio su izložbe “Prado muzej u Sarajevu” otvorene na “Trgu oslobođenja-Alija Izetbegović” u Sarajevu.