Na kraju se iskazalo da je veoma talentovan za komponovanje. U njegovoj porodici redovito su se održavali koncerti nedjeljom i praznicima budući da su svi članovi bili nadareni za muziku. Zbog loših ocjena nije mogao ostati u domu te se vratio kući i nastavio komponovati. Završio je za učitelja i zaposlio se u školi gdje je radio njegov otac. Muzičku naobrazbu potražio je kod Antonija Salierija i komponovao prvu operu i misu, koje su praizvedene 1841. godine.
Pokušao se probiti kao kompozitor jer nije više želio raditi kao učitelj. U tome su mu pomagali prijatelji i kolege. Porodica Sonnleithner organizirala je u njegovu čast muzičke susrete, koji se od 1821. nazivaju Šubertijada (u sličnom obliku odvija se i danas). Na kraju je dao otkaz u školi. Nakon nekog vremena dobro je zarađivao od muzike. Komponovao je preko 600 pjesama (Vilinski kralj, Gretchen za vretenom, Ružica u gaju), cikluse pjesama (Zimsko putovanje), devet simfonija (Nedovršena), gudačke kvartete, klavirska tria, mise, opere, sonate… Schubertova najpoznatija pjesma, koju poznaju i oni što ne vole klasičnu muziku, svakako je Ave Maria.
Tokom života nije stekao veliku popularnost, a jedan od razloga je taj što se nije pokušavao nametnuti u javnosti kao što su to činili Mozart i Beethoven. Zdravlje mu se počelo pogoršavati, kao i ovisnost o alkoholu. Bolovao je od sifilisa, a umro je vjerojatno od tifusa 1828. godine. Iako je kratko živio, ostvario je značajan opus u svim muzičkim vrstama. Danas ga se smatra, uz Beethovena, utemeljiteljem romantike u Njemačkoj.
Po Franzu Schubertu je nazvan krater na Merkuru i zaljev na Antarktici.